Fundado em 1910, o São Tomé é o 2º clube mais antigo da ilha de São Tomé, e um dos mais tradicionais, vencendo diversas vezes o Campeonato Nacional, assim como a Copa.
O clube surgiu um ano depois do Dínamo Chatunvisk, dada a necessidade da comunidade luso-latinoamericana ter um clube de futebol para rivalizar com a comunidade russa de Chatunvisk.
Durante os anos da Ditadura foi claramente um dos times da Oposição, assim como o GFP, sendo punido inúmeras vezes pelos tribunas esportivos, que garantiam o domínio do Milionários.
Após a Revolução foi apelidado de "time da burguesia" pelos chamados "times revolucionários", El Pueblo e 8 de Outubro. A rivalidade com o El Pueblo é a maior da ilha.
